La direction de l’ED est assurée par un directeur et un directeur adjoint, assistés par le Conseil de l’ED.

Le directeur et le directeur adjoint sont désignés conjointement par les chefs des deux établissements, UB et UFC, après avis des Conseils Académiques des deux Universités et du Conseil de l’Ecole Doctorale (article 10 de l’arrêté du 7 août 2006 relatif à la formation doctorale). Ils n’appartiennent pas au même établissement.

La composition du Conseil vise à l’équilibre et à la représentativité des différents acteurs de la formation doctorale. Chaque membre du conseil a un suppléant, ce qui facilite la réalisation du quorum lors des réunions et améliore la représentativité du Conseil.